Возможно ли делать резервное копирование рабочих станций, если мой сервер находится в другом домене?

Для бэкапа рабочих станций в другом домене локальный пользователь Handy Backup Server должен быть указан в качестве администратора бэкапа при установке программы.

Подробное описание процесса установки Handy Backup Server Вы можете найти в руководстве пользователя.